药学院源于1962年成立的南京药物研究所和1985年成立的南京化工大学生物科学与工程系，2008年12月在南京工业大学制药与生命科学学院原药学系和江苏省药物研究所的基础上组建而成，学科发展历史悠久。

学院立足于医药强省江苏，依托国家首批入选“高等学校创新能力提升计划（2011计划）”的“江苏先进生物与化学制造协同创新中心”，面向“健康中国”的国家战略需求，面向医药产业重大需求，面向先进绿色制药科技前沿，在生物制药与生化药学、药物制剂与生物材料、化学新药设计与绿色合成技术、药理学与药物安全性评价等方面形成了特色和优势。学科现有国家生化工程技术研究中心（微生物与生化药学方向）、江苏省工业生物技术创新中心、江苏省药物安全性评价中心、江苏省药物新制剂研究及工程化技术服务中心等高水平工程技术中心和成果转化基地，科技成果转化与产业化能力突出，致力于医工结合，服务地方经济成效显著，促进产业链、创新链、人才链的深度融合，形成“重点突出、特色发展、梯度建设”的药学院特色发展之路。同时与强生、默克、扬子江、恒瑞、先声等知名药企具有广泛的合作关系，共建了一批研发中心和中试基地，为药学人才培养提供优良的教学科研基地。

学院落实立德树人根本任务，拥有完整的人才培养体系，涵盖了本科、硕士及博士研究生三个培养层次。现有本科专业两个（药物制剂、药学），药学一级学科硕士点（含药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学方向），生物工程一级学科博士点（制药工程方向）。药学学科入选“十四五”江苏省重点学科，药物制剂、药学两个本科专业入选江苏省一流本科专业建设点。学院现有本科生700余人，博士、硕士研究生200余人，留学生50余人，先后荣获江苏省优秀硕士论文、江苏省优秀毕业设计（论文）、国际基因工程机器大赛金奖、“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品优胜奖、全国大学生生命科学创新创业大赛一等奖等。

学院拥有一支以应汉杰院士等为学科首席顾问、高素质的学术研究团队和师资队伍。现有教职工50余人，教师中95%以上拥有博士学历，50%以上有海外留学背景。集聚了来自美国、日本、韩国、新加坡等海内外知名大学的药学或药学相关专业的优秀人才，其中有国家杰青1人、国家药典委员会委员1人等国家级人才，以及江苏省“333高层次人才”、江苏省“六大人才高峰”入选人才、江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人等多人。

近年来学院教师主持承担国家重点研发计划、国家重大新药创制专项、国家支撑计划项目等国家级重要科研项目。先后荣获国家科技发明二等奖2项、教育部技术发明一等奖1项、何梁何利科学与技术创新奖1项、全国商业最高科学技术奖1项、中国专利奖优秀奖1项、中国石油和化学工业联合会技术发明一等奖3项和其他省部级科技进步奖多项。

药学院全体师生肩负新的历史使命，将进一步彰显药学专业优势和特色，瞄准国际科技前沿和国家及江苏省医药发展的重大需求，结合医学、生物学、化学、材料等学科，立足大健康产业，坚持产学研协同创新，加速科技成果转化，奋进新时代，迈向新征程，为特色鲜明国内一流国际知名创业型大学建设贡献力量。

（2022年11月更新）